Polipeptido-kate peptidikoaren diseinu-eskema eta disoluzioa

I. Laburpena
Peptidoak makromolekula bereziak dira, sekuentziak ezaugarri kimiko eta fisikoetan ezohikoak baitira.Peptido batzuk sintetizatzeko zailak dira, eta beste batzuk sintetizatzeko nahiko errazak baina garbitzeko zailak dira.Arazo praktikoa da peptido gehienak ur-soluzioetan apur bat disolbagarriak direla, beraz, gure arazketan, peptido hidrofobikoari dagokion zatia ur-disolbatzaile ez-urtsuetan disolbatu behar da. Hori dela eta, litekeena da disolbatzaile edo buffer hauek erabilerarekin oso koherenteak izatea. prozedura esperimental biologikoak, teknikariek erabat debekatuta daukate peptidoa beren helburuetarako erabiltzea, beraz, honako hauek dira ikertzaileentzako peptidoen diseinuaren hainbat alderdi.

Polipeptido-kate peptidikoaren diseinu-eskema eta disoluzioa
Bigarrenik, peptido zaila sintetikoen aukeraketa zuzena
1. Beheranzko sekuentzien luzera osoa
15 hondakin baino gutxiagoko peptidoak errazago lortzen dira, peptidoaren tamaina handitu eta produktu gordinaren purutasuna txikiagotzen delako.Peptido-katearen luzera osoa 20 hondakinetatik haratago handitzen denez, produktuaren kantitate zehatza funtsezko kezka da.Esperimentu askotan, erraza da ustekabeko efektuak lortzea hondar kopurua 20tik behera jaitsiz.
2. Hondakin hidrofoboen kopurua gutxitu
Hondakin hidrofoboen nagusitasun handia duten peptidoek, batez ere C-muturreko 7-12 hondar eskualdean, normalean zailtasun sintetikoak eragiten dituzte.Hau konbinazio desegokia dela ikusten da, hain zuzen, sintesian B tolesturako xafla bat lortzen delako."Horrelako kasuetan, erabilgarria izan daiteke bi hondar positibo eta negatibo baino gehiago bihurtzea edo Gly edo Pro peptidoan jartzea peptidoaren konposizioa desblokeatzeko".
3. Hondakin “zailak” behera egitea
"Badaude Cys, Met, Arg eta Try hondakin batzuk, oro har, erraz sintetizatzen ez direnak".Ser normalean Cys-en alternatiba ez oxidatibo gisa erabiliko da.
Polipeptido-kate peptidikoaren diseinu-eskema eta disoluzioa

Hirugarrenik, hobetu uretan disolbagarrien aukeraketa zuzena
1. Doitu N edo C amaiera
Peptido azidoei dagokienez (hau da, negatiboki kargatutako pH 7an), azetilazioa (N-muturreko azetilazioa, C muturrak beti karboxilo talde askea mantenduz) bereziki gomendatzen da karga negatiboa handitzeko.Hala ere, oinarrizko peptidoetarako (hau da, positiboki kargatutako pH 7an), aminazioa (amino talde librea N-muinean eta aminazioa C-muinean) bereziki gomendatzen da karga positiboa areagotzeko.

2. Asko laburtu edo luzatu sekuentzia

Sekuentzia batzuek aminoazido hidrofobo ugari dituzte, hala nola Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr eta Ala... Hondar hidrofobo horiek % 50 gainditzen dutenean, normalean ez dira erraz disolbatzen.Baliagarria izan daiteke sekuentzia luzatzea peptidoaren polo positiboak eta negatiboak areagotzeko.Bigarren aukera, kate peptidikoaren tamaina gutxitzea da polo positiboak eta negatiboak handitzeko, hondakin hidrofoboak beherantz erregulatuz.Zenbat eta indartsuagoak izan peptido-katearen alde positiboak eta negatiboak, orduan eta litekeena da urarekin erreakzionatzeko.
3. Jarri ur-disolbagarria den hondakin bat
Kate peptidiko batzuen kasuan, aminoazido positibo eta negatibo batzuen konbinazioak ur-disolbagarritasuna hobe dezake.Gure konpainiak peptido azidoen N-helmuga edo C-muina Glu-Glu-rekin konbinatzeko gomendatzen du.Oinarrizko peptidoaren N edo C muturra eman zen eta ondoren Lys-Lys.Kargatutako taldea ezin bada jarri, Ser-Gly-Ser N edo C muturrean ere jar daiteke.Hala ere, ikuspegi honek ez du funtzionatzen kate peptidikoaren aldeak aldatu ezin direnean.