Diseinu eskema eta polipeptido peptidoaren katearen konponbidea

I. Laburpena
Peptidoak makromolekula bereziak dira, haien sekuentziak ezohikoak ez diren ezaugarri kimiko eta fisikoetan. Zenbait peptido sintetizatzeko zailak dira, beste batzuk nahiko erraz sintetizatzeko, baina garbitzeko zaila da. Arazo praktikoa da peptido gehien disolbatzaile apur bat disolbagarriak direla, beraz, disolbatzaile edo buffer horiek ez direla oso inkoherentea izan behar prozedura esperimental biologikoen erabilerarekin, eta, beraz, teknikariek beren helburuetarako erabiltzea debekatuta dute. ikertzaileentzako peptidoen diseinuaren alderdiak.

Diseinu eskema eta polipeptido peptidoaren katearen konponbidea
Bigarrena, peptido zail sintetikoen aukera zuzena
1. Beheko araututako sekuentzien luzera osoa
15 hondakin baino gutxiagoko peptidoak erraz lortzen dira, peptidoaren tamaina handitzen delako eta produktu gordinaren garbitasuna gutxitzen delako. Kate peptidoaren luzera osoa 20 hondakinetatik haratago handitzen da, produktuaren kantitate zehatza funtsezko kezka da. Esperimentu askotan, ustekabeko efektuak lortzea erraza da 20 urtetik beherako hondakin kopurua jaitsiz.
2. Hidrofoboen hondamendi kopurua gutxitu
Honddikazio hidrofoboen nagusitasun handia duten peptidoak, batez ere C-Terminoren 7-12 hondakinetan, normalean zailtasun sintetikoak eragiten dituzte. Hau konbinazio desegokia da, hain zuzen ere, b-tolestura-orria sintesian lortzen delako. "Horrelako kasuetan, baliagarria izan daiteke bi hondakin positibo eta negatiboak baino gehiago bihurtzea, edo peptidoaren konposizioa desblokeatzeko peptidoa jartzea."
3. Hondakin "zailak" murriztea
"CYS, Met, Arg, eta saiatu, oro har, erraz sintetizatzen ez diren hondakinak dira." Sere-k CYS-en alternatiba ez-alternatiba gisa erabiliko da.
Diseinu eskema eta polipeptido peptidoaren katearen konponbidea

Hirugarrena, uretan disolbagarritasun aukera zuzena hobetu
1. Egokitu N edo C terminoa
Peptido azidoen aldean (hau da, negatiboki kargatuta dago pH 7an), azetilazioa (N-Terminus azetilazioa, C CarBoxyl taldea beti mantentzen da) bereziki gomendagarria da karga negatiboa handitzea. Hala ere, oinarrizko peptidoetarako (hau da, ph 7-n positiboki kobratzen da), AMINIZIOA (N-Terminus-en N-Terminus-en) AminoS-en (Doako amino taldea) bereziki gomendagarria da karga positiboa handitzea.

2. Sekuentzia asko laburtu edo luzatu

Sekuentzia batzuek aminoazido hidrofobo ugari dituzte, esaterako, Trp, Phe, Val, Ile, Beu, Beu, Tyr, Tyr, Tyr, Tyr, eta abar, eta, normalean, ez dira erraz desegiten. Baliteke sekuentzia luzatzeko peptidoaren polo positiboak eta negatiboak areagotzeko. Bigarren aukera, peptidoaren katearen tamaina kargatu da polo positiboak eta negatiboak handitzeko, hondamendi hidrofoboak erreproduzituz. Zenbat eta indartsuagoa izan peptido katearen alde positiboak eta negatiboak, orduan eta litekeena da urarekin erreakzionatzea.
3. Jarri ur disolbagarria den hondakina
Kate peptido batzuetarako, aminoazido positibo eta negatibo batzuen konbinazioak uraren disolbagarritasuna hobetu dezake. Gure enpresak N-Terminus edo C-Terminus azidoen azidoen peptidoak gomendatzen ditu Glu-Glu-rekin konbinatzeko. Oinarrizko peptidoaren N edo C terminoa eman zen eta gero Lys-Lys. Kargatutako taldea ezin bada kokatu, Ser-Gly-Ser-en N edo C terminoetan ere koka daiteke. Hala ere, ikuspegi honek ez du funtzionatzen peptidoaren katearen aldeak ezin direnean aldatu.